Molly Mahoney is de manager van Mr. Magorium’s Wonder Emporium, de vreemdste en meteen de grootste speelgoedhandel op aarde. Als de 243-jarige Mr. Magorium kenbaar maakt dat hij van plan is om te “vertrekken” en geeft de winkel aan Molly om haar de middelen te bieden vooruit te komen en om “onvast” te komen in haar leven.

Molly beseft uiteindelijk dat het vertrek van Mr. Magorium niet zijn pensioen zal zijn, maar dat hij gaat sterven. Wanhopig dit te stoppen brengt Molly hem naar het ziekenhuis, waar hij de volgende dag ontslagen wordt omdat er lichamelijk niets aan hem mankeert. Mr. Magorium heeft een vol leven geleefd en is het de tijd om zijn verhaal te eindigen. “Hij sterft.”